Medical Sciences Journal of Islamic Azad University

fa جداسازی متانوبروی باکتر اسمیتی از نمونه مدفوع انسان با استفاده از ژن اختصاصی rpoB Methanobrevibacter smithii isolation from human stool using specific rpoB gene ميكروبيولوژي Microbiology تجربي Experimental سابقه و هدف: آرکیها میکروارگانیسمهای اکستروترموفیل هستند که سالها تصور بر آن بود که تنها میتوان آنها از محیطهای با شرایط دشوار از قبیل آتشفشانها ، اعماق اقیانوسهای و دریاچههای پرنمک به دست آورد. اما امروزه مشخص شده است که دستهای از این آرکیها ساکن دستگاه گوارش موجودات زنده از قبیل پستانداران، سخت پوستان و انسان هستند. از مهمترین سویه شناسایی شده آرکیها در دستگاه گوارش، می توان بهMethanobrevibacter smithii   اشاره کرد. در این مطالعه، برای اولین بار آرکی متانوژن به صورت بومی جداسازی شد. روش بررسی: در این مطالعه DNA آرکی از نمونه های مدفوع 20 فرد سالم با معیار های مورد نظراستخراج  و سپس PCR  آن در شرایط بهینه صورت گرفت، همچنین برای اطمینان از تکثیر ژن مورد نظر (rpoB) هضم آنزیمی توسط آنزیم محدودکننده انجام شد و در انتها نمونه ها در داخل E.coli(DH5α) کلون و تعیین توالی شدند. یافته ها: از بین 20 نمونه مدفوع، در 18 نمونه جواب PCR (90%) مثبت گزارش شد. جوابهای مثبت به کمک آنزیم محدودالاثر AVAII تایید شدند و نتایج سکانس در سایت NBCI بررسی شد و مشخص شد نمونه جدا شده آرکی Methanobrevibacter smithii  است. نتیجهگیری: این مطالعه نشان میدهد با توجه به  تنوع میکرورارگانیسمها در دستگاه گوارش، تعیین ژن اختصاصی و عدم داشتن همولوژی با سایر میکروارگانیسمها در جداسازی آرکی بسیار حایز اهمیت است. واژگان کلیدی: متانوبروی باکتر اسمیتی، آرکی، مدفوع ، ژن rpoB. Background: Archaea are Extrtermophile microorganisms and for several decades it has been believed that they are only found in harsh environments, such as volcanoes, deep oceans and salt lakes. However, at present time, their existence in human and mammal’s intestine has been proved. The most important Archaea in human intestine is Methanobrevibacter smithii, which has a major role is some gastrointestinal disorders, as well as obesity. Therefore, Methanogens isolation and detection has such a crucial clinical importance. In this study, we isolated this microorganism for the first time using local technique. Materials and methods: In this study, Archaea DNA was extracted from healthy subject’s stool samples, considering the specific criteria for choosing the healthy group. PCR reaction was performed to amplify the rpoB. Enzyme digestion was operated using restriction enzyme to confirm the rpoB gene. The PCR product was then cloned in E.coli (DH5α) host and sequencing process was performed. Results: Of 20 stool samples, the rpoB gene was confirmed in 18 samples (90%) and also the AVAII enzyme digestion results proved the gene identity. Sequencing results in NCBI site proved that isolated microorganisms were Methanobrevibacter smithii. Conclusion: This study revealed that by considering the microorganisms’ variety in intestine, the precise gene detection methods for selecting the specific microbiota, in order to prevent existing similarities between homolog microbiota is vital in microbiota isolation. Keywords: Methanobrevibacter smithii, Archaea, stool, rpoB gene. متانوبروی باکتر اسمیتی, آرکی, مدفوع , ژن rpoB Methanobrevibacter smithii, Archaea, stool, rpoB gene. 82 88 http://tmuj.iautmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-448&slc_lang=fa&sid=1 Shaghayegh Baradaran Ghavami شقایق برادران قوامی 10031947532846005629 10031947532846005629 No PhD student, Department of Microbiology, Islamic Azad University, Science and Research Branch, Tehran, Iran دکتری میکروب شناسی،گروه زیست شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم تحقیقات تهران Abbas Akhavan Sephay عباس اخوان سپهی 10031947532846005630 10031947532846005630 No Gastroenterologist, Department of Microbiology, Islamic Azad University, Tehran North Branch, Tehran, Iran گروه میکروب شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تهران شمال Hamid Asadzadeh Aghdaei حمید اسدزاده عقدایی hamid.assadzadeh@gmail.com 10031947532846005631 10031947532846005631 Yes Basic and Molecular Epidemiology of Gastrointestinal Disorders Research Center, Research Institute for Gastroenterology and Liver Diseases, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran ، فوق تخصص گوارش و کبد ، مرکز تحقیقات علوم پایه و اپیدمولوژی بیماری‌های دستگاه گوارش، پژوهشکده بیماری‌های گوارش و کبد، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی Taher NejadSatari طاهر نژادستاری 10031947532846005632 10031947532846005632 No Department of Microbiology, Islamic Azad University, Science and Research Branch, Tehran, Iran گروه زیست شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم تحقیقات تهران Mohammad Reza Zali محمدرضا زالی 10031947532846005633 10031947532846005633 No Gastroenterologist, Gastroenterology and Liver Diseases Research Center, Research Institute for Gastroenterology and Liver Diseases, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran فوق تخصص گوارش وکبد، مرکز تحقیقات بیماری‌های گوارش و کبد، پژوهشکده بیماری‌های گوارش و کبد، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی